成长在破碎家庭中的查理同样对自己的命运感到非常的失望，某日，马歇尔和查理同时许愿，他们一个渴望重新变回小孩，而另一个则希望自己快快长大，命运的车轮开始旋转，在魔力的影响下，他们的灵魂竟然对调进入了彼此的身体之中。 暴躁冲动却富有激情的拉斐尔（乔什·帕斯 Josh Pais饰），幽默风趣的的米开朗基罗（迈克林·西提 Michelan Sisti饰），个性沉稳的多纳泰罗（雷夫·提勒顿 Leif Tilden饰）以及他们的领导者达芬奇（大卫·福尔曼 David Forman饰），这四只功夫高强的忍者龟便肩负起为纽约市除暴安良的神圣使命。